信息技术与课程整合与CAI的本质区别在于从以“教”为中心的教学结构转变为了“学教”并重的教学结构（主导——主体教学结构），如下图。现代教学系统是由教师、学生和教材（教学内容）、教学媒体这四个要素构成的，按照系统论的观点，这四个要素不是孤立地、简单地组合在一起，而是相互联系、相互作用的有机整体，而教学系统四个要素相互联系、相互作用的具体体现就是教学结构。 

　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　 图1-1 教学结构的转变
　　这两种教学结构的特点如下表所示：
　

　　从前面的计算机辅助教学的概念我们可以看出，CAI仅仅是对教学方法与教学手段的改变，它基本上没有改变教学内容，更没有改变教学结构，只是为了达到某一学科的单纯的教学目的而进行的，计算机只是一种辅助教授难点和重点的工具。而在我国的中小学课堂中，计算机主要作为辅助教师教的演示工具，老师们主要是利用Powerpoint、Authorware和Flash等课件开发工具制作课件来展示某个知识点，来辅助教师的教学活动，教学内容仍然基本上由课本决定，教材是学生知识的主要来源，教师仍然是教学的绝对主导者，监控课堂上学生的学习活动，学生仍然是一种被动接收学习状态。从上述的种种表现可以看出，计算机辅助教学仍然符合传统的以教师为中心的教学结构的特点，属于以教师为中心的教学结构。
　　而从前面对信息技术与课程整合的概念我们可以看出，信息技术和课程整合的目标是要通过信息技术所创建的理想学习环境和全新的学习方式，不是把信息技术仅仅作为辅助教或辅助学的工具，而是强调要把信息技术作为促进学生自主学习的认知工具和情感激励工具，利用信息技术所提供的自主探索、多重交互、协作学习、资源共享等学习环境，打破了课本是知识唯一获取渠道的局限，把学生带入了计算机网络所构筑的无尽的探索空间，使得学生学习的知识范围得到了更大的拓展，情感的体验更加积极鲜明，认知投入更加深入。教师所起的作用则是把学生的主动性、积极性充分调动起来，提供相应的资源和必要的指导，从而实现学生对知识有意义的自主建构，更重要的是使学生的创新思维与实践能力在整合过程中得到有效的锻炼，从根本上实现了对传统的教学结构的变革。不难看出，信息技术和课程整合是符合学生主体、教师主导这种新型教学结构的特点，属于这种新型教学结构的范畴。
　　当然，在课程整合过程中，有时也可以用CAI课件作为促进学生自主学习的某种工具，所以“整合”也并不完全排斥CAI。不过，整合过程中运用CAI课件是为了促进学生自主的学，与传统的以教为主的CAI运用还是有所不同，教师要能将学科的知识点和计算机的教学知识点有机地结合在一起，发挥各自的优势，使学生在掌握社会生活必备的信息技术知识信息与技能同时，形成了良好的信息素养，掌握信息时代的学习方式，具备一定的适应能力、应变能力与解决实际问题的能力，成为具有创新型和实践型的能适应时代生产力发展的建设者。